私のうちは檀家の中でも「世話方」という立場になっており、今回は住職との相談で、世話方は香典の代わりに割当金のような形で２万円ずつ負担することになりました。
私は主人の両親との同居で、まだ親の代なので、その割当金は主人の両親が出します。
また葬儀手伝いも両親が夫婦で行くことになっています。

家からのお悔やみの形はそうなるのですが、私はそのお寺のお嫁さんと同じ若妻会で親しくさせてもらっています。
主人とお寺の息子さんは以前は同じ青年会での付き合いはありましたが、今はお互い引退し挨拶程度の仲です。
あまり親しくもないので主人の名前で別に香典を出すつもりはないそうですが、私はお嫁さんの友人として何らかのお悔やみをしたいと思っています。
その場合、主人ではなく私の名前で出しても良いのでしょうか？

あちらは間もなく住職を息子さんに譲り代替わりしますので、今後はお嫁さんとも家同士の付き合いということになると思います。
あまり多くやりすぎて後々相手方のご負担になるのは避けたいので、どの程度するのが良いのか迷っています。
３千円の香典を葬儀に行く両親に預けるか、５千円の香典を持参し私も葬儀に参列するか、どうするのが無難でしょうか？

どーなつ様

どーなつ様
早分かり葬儀参列の市川です。

ご質問の件、
家としては弔慰を示していて、
なおかつお嫁さんとの個人的なお付き合いでも
何らかのお悔やみの気持ちを伝えたいということですね。

お香典を包む場合ですが、ご主人の名前にしたほうが体裁は保たれると思います。
お香典も含めて「弔意」というものは、喪主に向けて示すものですので、
家対家の意味合いが強くなりますし、菩提寺ということですので、
そういったしきたりは色濃いものだと思います。
若妻会の奥様も、どーなつさんの名前でなくとも分かっていただけると思いますよ。

金額は3千円でも良いと思いますが、
中袋に「御返し等のお気遣いは不要です」と書いておくとスマートです。